Začiatkom roku 1636 zomrel spišský hlavný župan Michal Thurzo a ním vymrela rodina Thurzovcov, ktorá od roku 1523 nepretržite vlastnila aj Šintavský hrad a jeho majetky. Šintavské domínium ako súčasť thurzovských majetkov, ktorých hodnota sa odhadovala na dva milióny zlatých pripadlo kráľovskej komore.

Dňa 30. augusta 1636 kráľ Ferdinand III. nariadil Jurajovi Berényimu, kapitánovi šintavského hradu, aby urýchlene odovzdal hrady Šintava a Tematín so všetkými príslušenstvami Kráľovskej komore, lebo viaceré rodiny, hlavne palatín Mikuláš Esterházy, predostreli svoje nároky na thurzovské dedičstvo.

Kto bol ten muž, ktorý mal taký veľký záujem o Šintavu a jej okolie, o jej hrad, ktorý od roku 1547 bol sídlom hlavných kapitánov uhorských vojsk a jedným
z významných strategických bodov v protitureckom obrannom systéme? Kto chcel vlastniť v 17. storočí územie, vystavené neustálym nájazdom tureckých vojakov, pohybu a presunu domácich vojsk a cudzích žoldnierov, po ktorých zostali spustošené mestečká a dediny, spálené polia, vydrancované a vyľudnené domácnosti a usadlosti? Dobové pramene, urbáre a iné písomnosti panstva poskytujú tento smutný obraz o tomto, kedysi kvitnúcom feudálnom majetku. Muž, ktorý chcel vlastniť tento majetok mal možno svoje plány do budúcnosti. Mal víziu o kvitnúcich mestečkách s trhmi a jarmokmi, prosperujúcimi remeslami, obchodom a o úrodných, bohatých dedinských usadlostiach a hospodárstvach. Týmto cieľavedomým a odhodlaným mužom bol Mikuláš Esterházy (1583 - 1645), galantský rodák, syn podžupana Bratislavskej župy Františka Esterházyho. Prestup mladého erudovaného človeka na katolícku vieru ovplyvnil jeho další súkromný a verejný život. Stal sa silnou oporou katolicizmu v Uhorsku, ale aj vhodným partnerom a protivníkom Gabriela Bethlena a Juraja Rákocziho I., vtedajších prominentných protestantských predstaviteľov politického života.

K vstupu do spoločnosti vysokej šľachty mu umožnilo manželstvo s Uršuľou Dersfiovou, vďaka ktorému sa stal aj spolumajiteľom obrovského majetku.

Oddanosť Mikuláša k Habsburgovcom mu zabezpečila rýchly postup. Prv len kapitán, potom radca, v roku 1613 barón, roku 1617 hlavný župan Berežskej župy, roku 1618 župan Zvolenskej župy a od roku 1625 palatín. Panovník svoju náklonnosť k Mikulášovi prejavil najprv donáciou Kismartonu (Eisenstadt, Rakúsko), neskôr v roku 1626 darovaním grófskeho titulu s rozsiahlym majetkom a hradom Frakno (Forchtenstein). Nakoniec získal aj šintavské panstvo.

Nového vlastníka do držby šintavského hradu uviedol 20. apríla 1639 Michal Majtényi, radca Bratislavskej kráľovskej komory. Majetkový celok de jure dostal privilégiom kráľa Ferdinanda III. až roku 1642. Mikuláš Esterházy sa za 250 000 florénov stal pánom hradu, mestečiek Šintava, Sereď, Senec, Čeklís (Bernolákovo), Nové Mesto (Ujvároš, dnes Sereď), ďalej dedín Vlčkovce, Šoporňa, Veľký Šúr, Valtov Šúr, Matúškovo, Križovany, Abrahám, Veľká Mača, Pata, Čierna Voda, Horné Saliby, Tomášikovo, Vozokany, Jahodná, Čierny Brod, Trstice, Veľké Sady, Malý Šúr, Majcichov, Paľovce, Pusté Sady, Šók (časť Selíc), Jatov (praedium), Čepeň, Poľný Kesov, Candida (praedium).

Mikuláš sa ešte v roku 1639 pustil do opravných prác opusteného šintavského hradu. Hlavný dôraz kládol na rýchlu opravu hradného paláca a kaplnky, lebo čoskoro opustil svoje zadunajské majetky a s rodinou i dvorom sa presťahoval do Šintavy. Priestory hradu sa po rekonštrukcii stali dôstojným sídlom úradu palatína a jeho rodiny. Odtiaľ riadil záležitosti krajiny a tu prijímal návštevy krajinských hodnostárov.

Po nešťastnej smrti svojej manželky Kristíny, 14. augusta 1641, napísal svoj testament. K jeho naplneniu došlo v roku 1645. Dedičom Šintavy a Bytče sa stal vtedy 10 ročný Pavol (1635 - 1712), budúci vysoký kráľovský hodnostár a knieža. Tútori Pavla a jeho brata Františka (1641 - 1685) dostali za povinnosť použiť výnosy
z týchto majetkov na ich výchovu a školenie.

V roku 1660 po dovršení plnoletosti najmladšieho Mikulášovho syna a zakladateľa mladšej fraknóovskej vetvy rodiny Františka, došlo k deľbe majetku. Podľa nej získal František okrem šintavského panstva aj majetky Pápa, Ugod, Devecser a Gesztes (dnes Maďarsko).

Františkov syn a dedič Jozef (1682 - 1748), neskorší krajinský sudca, opustil cirkevnú dráhu a stal sa vojakom. V roku 1707 úspešne chránil svoj hrad a majetky proti povstaleckým vojskám. Po nastolení poriadku v krajine sa medzi prvými pustil do obnovy svojich majetkov. V mestečkách a dedinách panstva usadzoval okrem iných aj Židov, od ktorých očakával obnovenie a rozprúdenie trhového života a obchodu. Podporoval aj rozvoj remesiel. K jeho pôsobeniu sa viaže výstavba čeklískeho kaštieľa, prestavba šintavského sídla a stavby rôznych cirkevných objektov na rodových majetkoch.

Pokračovateľmi budovateľských snáh Jozefa boli aj ďalší majitelia panstva, František, zakladateľ čeklískej vetvy rodiny a chorvátsky bán (1715 - 1785) a jeho syn František ml. (1758 - 1815), radca Uhorskej kráľovskej kancelárie.

Počas ich éry došlo k rôznym zmenám v hospodárení a založeniu troch manufaktúr v Čeklísi (Bernolákovo), v Senci a Talóši (Tomášikovo). František starší v snahe podporovať rozvoj výchovy mladých, prepustil svoje budovy v Senci pre účely konviktu a v Tomášikove na zriadenie sirotinca.

Po smrti Františka ml. došlo v roku 1817 k rozdeleniu šintavského panstva, z ktorého sa vytvorili tri samostatné celky. Seredské panstvo získal Karol Esterházy. Nový majiteľ svojou ľahostajnosťou a nekompetentnými zásahmi do hospodárenia postupne panstvo zadĺžil. Majetok získali veritelia a nakoniec Angelica kňažná Alsace d` Hennin.